バイナリインストール

NOVAのデータ解析のためには、Manyo-libとNOVA用のpythonスクリプトのインストールが必要。

空蝉を使ったManyo-libのインストール

空蝉インストールマニュアル を参照し、インストールする。

Pythonについては、Windows版はインストールが必要であるが、空蝉のインストールマニュアルに詳しく書かれている。Mac版やLinux版は、OSにインストールされているpythonを前提としている。

空蝉用の設定はしなくても、Manyo-libを動作させることができる。

Mac版は、アプリケーションなど一式入ったフォルダを、アプリケーションフォルダにドラッグ＆ドロップするだけである。

NOVA用のpythonスクリプトのインストール

NOVA用の処理ソフトウエアnva_pkgs

$ cd nva_pkgs_20171029
$ ls
sio2       nva_script

nva_scriptを適当なディレクトリパスにコピーする。下記の例では、/opt/mlf/にコピーしている。

$ sudo cp -r nva_script /opt/mlf/

pythonの実行時に必要なファイルを読み込むための、パスの設定をする。2行目で、Manyoや空蝉のパスに、nva_scriptをコピーしたパスを加える。

source /Applications/Utsusemi/.opt/bin/_loadenv
export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:/opt/mlf/

.bash_profileに書き込むと、ログイン時に自動的に設定される。

vi ~/.bash_profile

Python関連のパッケージの追加

Python関連のパッケージも、空蝉のインストーラーに含まれており、標準的な環境構築にはパッケージの追加は不要。

追加する場合には、pipを使うのが便利

pipのインストール

https://pypi.python.org/pypi/pip#downloads からダウンロードしたpip-6.0.1.tar.gzを展開して、

$ cd pip-6.0.1
$ sudo python setup.py install

でpipのインストール。パッケージ名がjupyterの場合には、下記のコマンドでインストールできる。

$ pip install jupyter --user

テスト

シリカガラスのデータを使ったテストがエラーなく終了すればインストールに問題無し。

$ cd nva_pkgs_20171029/sio2
$ ipython --pylab
Python 2.7.10 (default, Feb  7 2017, 00:08:15)
Type "copyright", "credits" or "license" for more information.

IPython 5.5.0 -- An enhanced Interactive Python.
?         -> Introduction and overview of IPython's features.
%quickref -> Quick reference.
help      -> Python's own help system.
object?   -> Details about 'object', use 'object??' for extra details.
Using matplotlib backend: WXAgg

In [1]: import nvaSq

In [2]: d90=nvaSq.basic("./","10708.rn","SiO2glass2.in","90_1steps")
 ***  Read run numbers
No of runs: 4
sample 10708
empty 10704
vanadium 10706
cell none
 ***  Sample info read from  ./SiO2glass2.in
 *** Sample cross sections
[['Si', 0.415071, 0.004, 0.0951, 0.3333], ['O', 0.5805, 0.0, 0.0001056, 0.6667]]
*** Standard Sample cross sections
[['V', -0.03824, 5.08, 2.82, 1.0]]
 **  Read Raw data from ElementContainerArray

##Pix No.=1/1##
 **  x-axis changed to Wavelength, Lambda
 **  Normalizaiton with proton numbers
       sample:  2145921053.0   emtpy:  2126837868.0   vanadium : 3920793193.0
 **  Empty background subtraction
       Keys:  lamda,Intensity,Error
 **  V-rod peak cut
 **  Set ttheta so as to be the average of merged pixels
 **  Attenuation factor calculation of cylindrical geometry
 **  Apply atten factor to sample & cell
       Keys:  lamda,Intensity,Error
 **  Cell subtraction
 **  Absolute correction of Vanadium Rod
       Keys:  lamda,Intensity,Error
 **  Correction of I0(lambda) * delta-Omega * eta(lambda)
 **  Normalization with no. of sample atom
       no. of sample atom : 0.0923181731875
 **  Multiple scattering correction of cylidrical geometry
       Keys:  lamda,Intensity,Error
 **  Incoherent correction
       Keys:  lamda,Intensity,Error
 **  Noramalization with <b>^2
       <b>^2 : 0.276005771432 <b^2> : 0.282086968224
 **  x-axis changed to Momentum transfer (Q)
 --- Save Z-Rietveld foramt text data ---
      file name:  ./10708_sq_90_1steps_72deg.histogramIgor
 --- Save S(Q) text data ---
      file name:  ./10708_sq_90_1steps_72deg_0
 --- Save const-dQ S(Q) text data ---
      file name:  ./10708_sq_90_1steps.txt

In [3]:
../_images/nvaSqfig.png