================================================== バイナリインストール ================================================== NOVAのデータ解析のためには、Manyo-libとNOVA用のpythonスクリプトのインストールが必要。 空蝉を使ったManyo-libのインストール -------------------------------------- `空蝉インストールマニュアル `_ を参照し、インストールする。 空蝉バイナリインストーラは、`こちら `_ Pythonについては、Windows版はインストールが必要であるが、空蝉のインストールマニュアルに詳しく書かれている。Mac版やLinux版は、OSにインストールされているpythonを前提としている。 空蝉用の設定はしなくても、Manyo-libを動作させることができる。 Mac版は、アプリケーションなど一式入ったフォルダを、アプリケーションフォルダにドラッグ＆ドロップするだけである。 NOVA用のpythonスクリプトのインストール -------------------------------------- NOVA用の処理ソフトウエアnva_pkgs :: $ cd nva_pkgs_20171029 $ ls sio2 nva_script nva_scriptを適当なディレクトリパスにコピーする。下記の例では、/opt/mlf/にコピーしている。 :: $ sudo cp -r nva_script /opt/mlf/ pythonの実行時に必要なファイルを読み込むための、パスの設定をする。2行目で、Manyoや空蝉のパスに、nva_scriptをコピーしたパスを加える。 :: source /Applications/Utsusemi/.opt/bin/_loadenv export PYTHONPATH=$PYTHONPATH:/opt/mlf/ .bash_profileに書き込むと、ログイン時に自動的に設定される。 :: vi ~/.bash_profile Python関連のパッケージの追加 -------------------------------------- Python関連のパッケージも、空蝉のインストーラーに含まれており、標準的な環境構築にはパッケージの追加は不要。 追加する場合には、pipを使うのが便利 pipのインストール https://pypi.python.org/pypi/pip#downloads からダウンロードしたpip-6.0.1.tar.gzを展開して、 :: $ cd pip-6.0.1 $ sudo python setup.py install でpipのインストール。パッケージ名がjupyterの場合には、下記のコマンドでインストールできる。 :: $ pip install jupyter --user テスト -------------------------------------- シリカガラスのデータを使ったテストがエラーなく終了すればインストールに問題無し。 :: $ cd nva_pkgs_20171029/sio2 $ ipython --pylab Python 2.7.10 (default, Feb 7 2017, 00:08:15) Type "copyright", "credits" or "license" for more information. IPython 5.5.0 -- An enhanced Interactive Python. ? -> Introduction and overview of IPython's features. %quickref -> Quick reference. help -> Python's own help system. object? -> Details about 'object', use 'object??' for extra details. Using matplotlib backend: WXAgg In [1]: import nvaSq In [2]: d90=nvaSq.basic("./","10708.rn","SiO2glass2.in","90_1steps") *** Read run numbers No of runs: 4 sample 10708 empty 10704 vanadium 10706 cell none *** Sample info read from ./SiO2glass2.in *** Sample cross sections [['Si', 0.415071, 0.004, 0.0951, 0.3333], ['O', 0.5805, 0.0, 0.0001056, 0.6667]] *** Standard Sample cross sections [['V', -0.03824, 5.08, 2.82, 1.0]] ** Read Raw data from ElementContainerArray ##Pix No.=1/1## ** x-axis changed to Wavelength, Lambda ** Normalizaiton with proton numbers sample: 2145921053.0 emtpy: 2126837868.0 vanadium : 3920793193.0 ** Empty background subtraction Keys: lamda,Intensity,Error ** V-rod peak cut ** Set ttheta so as to be the average of merged pixels ** Attenuation factor calculation of cylindrical geometry ** Apply atten factor to sample & cell Keys: lamda,Intensity,Error ** Cell subtraction ** Absolute correction of Vanadium Rod Keys: lamda,Intensity,Error ** Correction of I0(lambda) * delta-Omega * eta(lambda) ** Normalization with no. of sample atom no. of sample atom : 0.0923181731875 ** Multiple scattering correction of cylidrical geometry Keys: lamda,Intensity,Error ** Incoherent correction Keys: lamda,Intensity,Error ** Noramalization with ^2 ^2 : 0.276005771432 : 0.282086968224 ** x-axis changed to Momentum transfer (Q) --- Save Z-Rietveld foramt text data --- file name: ./10708_sq_90_1steps_72deg.histogramIgor --- Save S(Q) text data --- file name: ./10708_sq_90_1steps_72deg_0 --- Save const-dQ S(Q) text data --- file name: ./10708_sq_90_1steps.txt In [3]: .. image:: figs/nvaSqfig.png