セットアップ
1.ダウンロードと解凍
製作者である泉氏のホームページhttp://www.nirim.go.jp/~izumi/ もしくは的場研ファイルサーバー\\laoh\public\labox\rietan2000\にあるrietan2000.lzhというファイルを自分のPCにダウンロードして展開する。
例えば、デスクトップで展開すると、
このように展開される。
フォルダ rietan2000 ←RIETAN2000の本体やspgraなど重要なファイルが収納されている
フォルダ templates ←各種サンプルファイルがある
フォルダ orffe ←原子間距離を計算するプログラム
RIETANの出力ファイル○○.xyzファイルを入力ファイルとして使用
ファイル cygwin1.dll ←RIETAN2000にとって重要なDLLファイル
ファイル readme_win.txt ←Read Me ファイル。最低限、これは読むべし
2.移動と実行ファイルの作成
RIETAN2000の実行には、専用のbatファイルと設定ファイルinsファイルが必要。
実行ファイルは、フォルダ rietan2000の中に tl_riet.bat というファイルが用意されているので、それを修正・変更して作成する。
但し、batファイルを作成する知識がない場合や、ちょっと動かしてみよう!という人のためにサンプルを用意してある。
私が用意したサンプルファイルを使用する場合、展開した全ファイルをCドライブの一番下(root)に移動すれば動きます。
日本語化batファイル 22122.bat
また私が使用した設定ファイル.insをサンプルとしてここにおいておく。参考にしてもらえれば幸いである。
実際に動かす場合には、
A: 各ファイルともファイル名を 22122 に変更する もしくは、
B: 実行ファイルの SET SAMPLE= 22122 を SET SAMPLE= xsim などと書き直す
必要がある。
シミュレーション Xsim.ins
リートベルト解析 Xriet.ins
リートベルト解析に使用したデータファイル Xriet.int
3.とりあえず 実行
実行して成功すると、次のような状況になっているはず。
ノートパッドなどのエディターに計算結果である 22122.lst ファイルが表示されている。
一般的なエラーなどもここに表示されるので、おかしいな?と思ったらチェック。
DOS窓が一つ現れているが、致命的なエラーなどはここに表示される。
計算が終わったら、このDOS窓は消してしまってOK。
出力はいくつかのファイルが出力されるが、その中で重要なものを紹介すると、
○○.lst で計算過程と結果を
○○.pat でグラフ表示用データを 表示する。
また、Rietveld解析では、さらに
○○.xyzファイルは結晶構造描画ソフト ATOMS にそのまま使える
○○.mem ○○.hkl なども生成される。
4.自分のデータで解析
RIETAN2000では、○○.insファイルで格子定数や空間群など各種データを入力し、○○.batファイルを作成し実行することでプログラムが実行される。Rietveld解析には更に実験データファイル○○.intが必要。
insファイルやbatファイル、intファイルは同じファイル名にすること。
intファイルは実験データファイルであるが、サンプルファイルからもわかるように、基本的に
[2θ] [強度]
10.0 135.0
10.5 132.0
のような形式のファイルを用いる。
実行ファイルとして○○.batが必要となるが、その日本語化サンプルファイルをしたものを以下に示しておく。ファイルの中身は単なるMS-DOSのbatファイルなので、基本的に「DOSプロンプトで使用する環境変数」を設定している行は「SET」で始まり、コメント文(無視される文)は「REM」で表記されている。
実行ファイルの○○.batファイルを自作するときには、右クリックからそのbatファイルのプロパティを開いて「メモリ」タグの「環境変数の初期値(V)」の値を「自動」から「4096」などの大きな値に設定する必要がある。
エディターをWindowsのProgram Filesにあるエディターに指定する場合、例えば"c:\program
files\hidemaru\hidemaru.exe"のようにダブルコーテーション(" ")で括る必要がある。これはMS-DOSが文字列中の半角スペースで、文字列の終わりと勘違いしないようにするための対策である。
サンプルファイル 22122.batの内容と解説
太字の部分は、各自の環境に応じて変更の必要あり。
ECHO OFF
CLS
REM 'LOCINS=.' の指定は.insファイルと.batファイルが同じフォルダにある場合はこのままでOK
REM 異なる場合は、絶対パス(例:d:\rietan2000\)で指定する
SET LOCINS=.
ECHO Data files are located in %LOCINC%. ←このECHO文が表示されます
REM ファイル名の指定. File name = (sample
name).*, where '*' denotes extensions.
SET SAMPLE= 22122 ←自分の設定ファイル名(○○.ins)に変更する
ECHO The sample name is '%SAMPLE%'.
REM 下のSET行にrietan2000.exe のある場所を絶対パスで指定する
SET RIETAN=c:\rietan2000\rietan2000\ ←この設定は各自の環境に応じて変更してください
REM データベースファイル(asfdc, spgri, spgra)のある場所を絶対パスで指定する
SET DATABASE=c:\rietan2000\rietan2000\ ←LZHを展開したフォルダのrietan2000の中にあります
REM 編集に使用するエディタ(ワープロソフト)の指定(秀丸・メモ帳を推奨)
SET EDITOR=c:\windows\notepad.exe ←とりあえずノートパッドを指定してます
rem SET EDITOR="C:\Program Files\HIDEMARU\HIDEMARU.EXE" ←REM文にしてますが、Program Filesの中を指定するときには、このように" "でくくります
CHDIR %LOCINS%
ECHO RIETAN-2000 is now running ...
ECHO After execution of RIETAN-2000, the
editor will be launched to open %SAMPLE%.lst.
REM 入力ファイル形式
REM *.ins: 一般的な形式 (一行「半角英数80文字まで」なので注意).
REM *.int: X線・中性子の回折データ
REM *.int: バックグラウンドの強度(insファイルで指定した場合)
REM *.ffe: Input data created by ORFFE for
imposing constraints on interatomic distances
and/or bond angles.
REM *.fba: Data created by MEED for MEM-based
whole-pattern fitting.
REM *.ffi: Initial integrated intensities
for Le Bail refinement.
REM 出力ファイル形式
REM *.pat: シミュレーション結果や解析のプロット用のデータ形式
REM *.hkl: Data for Fourier/D synthesis by
FOUSYN.
REM *.xyz: Data for calculating interatomic
distances and bond angles by ORFFE.
REM *.mem: Data for MEM analysis by MEED. ←電子の存在密度とかを計算するプログラム
REM *.ffo: Integrated intensities resulting
from Le Bail refinement. ←サンプルの空間群が不明のときに使用するLeBail法(サンプルの空間群を必要としない解析法)の出力ファイル
REM *.lst: 一般的な形式
%RIETAN%\rietan2000 %SAMPLE%.ins %SAMPLE%.int
%SAMPLE%.bkg %SAMPLE%.pat %SAMPLE%.hkl %SAMPLE%.xyz
%SAMPLE%.mem %SAMPLE%.ffe %SAMPLE%.fba %SAMPLE%.ffi
%SAMPLE%.ffo > %SAMPLE%.lst ←この長い文でlstファイルに出力するデータを列挙している
%EDITOR% %SAMPLE%.lst ←指定したエディターにlstファイルを表示させている
REM When closeing %SAMPLE%.lst in the editor,
the command prompt window will also be closed.