平成８年度より、本機構においては共同研究型研究「大型シミュレーション研究」 の公募を行い、スーパーコンピュータシステムを使った研究の推進を図ってきた。 平成１６年度には、これまで素粒子・原子核分野の共同研究に限られたいた公募 対象を広げて、これらの分野を包含する高エネルギー加速 器科学全てについて公募することになった。また素粒子・原子核分野においては、 共同利用という枠を設けた。
平成１６年度は、１９の研究グループから計算時間の申請 があり、審査委員会の審査により時間配分を修正した上で採択された。 このうち、素粒子原子核分野が１６件（うち共同利用型が１０件）、 物質構造分野が１件、加速器分野が２件である。 同利用者数は総計で９２名であり、総計算時間のうち、 約２５％が共同利用型研究に割り当てられた。
平成１４年度から、国立情報学研究所が運営する広域ネットワークSuper-SINET のギガビット専用線を利用して、高エネルギー理論のための専用ネットワーク HEPnet-J/sc を構築している。これは、本機構のスーパーコンピュータと国内の 主要大学のスーパーコンピュータ等とを高速ネットワークで接続してデータの共 有を進めるもので、平成１６年度までに筑波大学、大阪大学、京都大学、広島大 学および金沢大学が接続されている。これによって、相互のデータ共有が格段に 進み、共同利用グループのデータのやりとりも円滑に行われるようになった。
平成１７年度下四半期に新システムの導入を行う予定である。 大型シミュレーション推進委員会（平成１６年１２月１０日開催）に おいて決定した「次期システムにおいては、格子ＱＣＤの大規模計算を 中心に世界的に競争できる計算機を導入して、大型シミュレーション研究を 一層充実させることが必要である」という大綱に基づき、 導入を進めていく予定である。
参照：http://ohgata-s.kek.jp/